# Nông nghiệp bền vững 

## Nông nghiệp bền vững 

Là phương thức canh tác đáp ứng nhu cầu lương thực, sợi dệt hiện tại mà không làm tổn hại đến khả năng đáp ứng của thế hệ tương lai

### Các điểm đáng lưu ý

- Là một trong những mục tiêu chủ chốt của nông nghiệp hiện đại
- Cần thiết để giải quyết những vấn đề quan trọng của thế giới:
  - biến đổi khí hậu & suy thoái môi trường [@singh2024], [@filho2023]
  - an ninh nương thực [@hunter2017]
- Mục tiêu phát triển bền vững số 2 và số 13: Không còn nạn đói; Hành động về khí hậu
	- Trong đó được nhắc đến trực tiếp trong mục tiêu số 2.

## Bệnh cây trồng

- Pose a serious threat to agricultural production and food security:
- Trở ngại lớn cho nông nghiệp & an ninh nương thực:
  - Là nguyên do cho đến 30% thiệt hại vụ mùa mỗi năm[@savaryGlobalBurdenPathogens2019]
  - Làm giảm giá trị và chất lượng nông phẩm[@vurroEmergingInfectiousDiseases2010]
  - Đặc biệt có khả năng tạo độc tố có hại cho con người [@wuMeasuringEconomicImpacts2007]

## Hóa chất 

- [@chaudhary2024]:

  - Ảnh hưởng xấu đến đa dạng sinh học đất

  - Lạm dụng đã dẫn đến các hậu quả không thể cứu vãn cho thiên nhiên

- Bị can ngăn và cấm trong vài trường hợp bởi EU (Quy định trung về bảo vệ thực vật) [@2009]

## Biological Control Agents (BCAs)
- Tạm dịch: Tác nhân kiểm soát sinh học 
- Vi khuẩn, nấm, virus có chức năng bảo vệ hoa màu
- Ưu điểm [@glare2019]:
	- Phân hủy sinh học: không có hại cho mạch nước ngầm, đất canh tác, hay chất lượng không khí
	- Ít có khả năng lưu lại tàn dư trong nông phẩm

### Biological Control Agents (BCAs)
- Là giải pháp cho sự phụ thuộc vào thuốc trừ sâu [@villavicencio-vasquez2025]
- Được ghi nhận là phương thức hữu hiệu nhất cho quản lý bệnh cây trồng mà đảm bảo được các yêu cầu "xanh" [@lahlali2022]

# Chi vi khuẩn Pseudomonas
## Chi vi khuẩn Pseudomonas

- Đặc điểm hình thái học chung: Gram âm, tế bào hình que, không có bào tử.
- Thuộc ngày Proteobacteria

### Điểm đáng lưu ý

- Được lưu ý bởi những đặc điểm: [@yangGreenGuardiansBiocontrol2025]
  - Khả năng phát triển mạnh trong nhiều điều kiện môi trường khác nhau.
  - Sản xuất một loạt các chất trao đổi có đắc tính chống vi trùng (Antimicrobial Metabolites - AMs):
    - có hiệu nghiệm trong chống nấm, chống vi trùng, nâng cao khả năng kháng bệnh của cây trồng.
    - stimulate plant growth by promoting root development and nutrient uptake.
    - Kích thích phát triển cây trồng qua việc khuyến khích hấp thụ dinh dưỡng, tăng trưởng rễ.

## Thành quả 
[@yangGreenGuardiansBiocontrol2025]
- Xác định được một số chất trao đổi chính
  - & Và vị trí sinh tổng hợp của chúng
- Một số yếu tố kiểm soát  chủ yếu 

## Knowledge Gap
- Vẫn còn nhiều AMs chưa được xác định 
- Các yếu tố kiễm soát dẫn đến sản xuất AMs vẫn cần nghiên cứu thêm
  - Hậu phiên mã & Dịch mã [@heeb2004]
  - Các yếu tố môi trường [@buch2023]
- Không nhất quán giữa môi trường thí nghiệm và trong bầu rễ [@alattas2024]
- Kiểm chứng trong môi trường

# Proposal
## Aim

<!-- > **While the genetic capacity of biocontrol Pseudomonas spp. for metabolite production is increasingly well-characterized through genomics, the dynamic regulatory logic governing when, where, and how these metabolites are produced in ecologically relevant contexts (rhizosphere colonization, pathogen encounter, host immune signaling) remains poorly understood. Integrated multi-omics approaches — combining transcriptomics, proteomics, and metabolomics in time-resolved and spatially resolved experimental designs — are needed to bridge the gap between the known biosynthetic potential encoded in Pseudomonas genomes and the actual regulatory programs that determine biocontrol efficacy under field conditions.**  -->
- Schadt et al., “An Integrated Metagenomic, Metabolomic and Transcriptomic Survey of Populus across Genotypes and Environments.”

- [@schadtIntegratedMetagenomicMetabolomic2024] combined metagenomics (318 metagenomes), plant transcriptomics (98 transcriptomes), metabolomics (314 profiles), and soil chemistry/activity measurements across 27 tree genotypes grown in two different field environments.
	- > "molecular-level events to system-level properties and their environmental influences."

## Data Collection
- Established:
  - Genomics
    - [dedicated site](https://pseudomonas.com/)
  - Transcriptomics
  - Proteomic
- Problematic:
  - Metabolomics 
  - Environmental data 

### Metabolomics & Environmental Data 
- Pseudomonas Aeruginosa is the only species with dedicated database (PAMD)
- Data for others are scattered across literature 
- Available through National Microbiome Data Collective

## Data Harmonization/Normalization

<!-- From fields as varied as socio-economics to ecology7 and the ‘Internet of Things’, data scientists report the lack of big data itself is a major bottleneck in using big data tools. Increasingly, data scientists must first sort through heterogeneous, incongruent, and fragmented datasets before any analyses can be conducted” (Cheng et al., “A General Primer for Data Harmonization.”) -->

### Cross-study

[@villalba2023]

### Multi-omics correction

[@choi2026]

## Integration

Schadt et al., “An Integrated Metagenomic, Metabolomic and Transcriptomic Survey of Populus across Genotypes and Environments.” Li et al., “Profiling Soil–Plant–Microbial Communities.”

# Summary
## Summary

# Extra

## How did we get here?